O Baia de Pemba FC é um clube de futebol com origem humilde e movido por principios islâmicos.

A ideia de criação deste clube surge numa madrassa (escola de estudos islâmicos) no famoso Bairro de Paquitequete por volta dos anos 2001, onde um grupo de irmãos frequentadores da mesma madrassa reuniram-se e criaram este clube para competir no campeonado local do Bairro, mais conhecido por campeonato da Langua, actual Copa Paquite.

Nessa altura, o clube ostentava o nome da Liga Muçulmana de Paquite, não tinha patrocínios e sobrevivia graças as contribuições dos seus membros e outros que se identificavam com a causa do clube.